Era o ano de 1226 e já haviam se passado vinte anos de sua conversão.

Francisco soube, por revelação divina, que a hora de sua morte se aproximava, por isso pediu que seus frades ficassem ao redor de si e abençoou-os um a um. Exortou-os a permanecer firmes no serviço do Senhor. Como estava hospedado na casa do bispo de Assis, que muito se preocupava com sua saúde, disse aos frades que desejava ir para Santa Maria da Porciúncula, onde começou a entender com perfeição o caminho da verdade.

São Francisco gostava tanto desta pequena igreja que um dia falou aos seus irmãos: – “meus filhos, não saiam nunca deste lugar. Se expulsarem vocês por um lado, saiam e entrem pelo outro, porque este lugar é santo de verdade e é a habitação de Deus. Aqui o Deus Altíssimo nos fez crescer quando ainda éramos um pequeno grupo. Quem rezar com devoção neste local conseguirá de Deus tudo o que pedir…”

Agora, Francisco estava bastante doente. Os médicos se espantavam de como ele ainda pudesse estar vivo em um corpo que só era pele e osso.

Estando em Santa Maria, pediu novamente que os frades se reunissem ao seu redor e entoassem os Louvores do Senhor. Cantou também, como pôde, um salmo: -“Em voz alta clamo ao Senhor, em voz alta suplico ao Senhor”. Chegou até a convidar a própria morte para o louvor, dizendo: – “seja bem-vinda minha irmã!” Ao médico que estava cuidando dele disse: – “meu irmão médico, me diga com coragem se o momento da minha morte está chegando. Para mim ela é a porta da vida!”

Depois pediu que lessem o trecho do Evangelho de São João que fala assim: -“Antes da Páscoa, sabendo Jesus que sua hora tinha chegado e devia passar deste mundo para o Pai…” Após a leitura, mandou que o deitassem em cima de um cilício (instrumento de penitência que São Francisco e Santa Clara usavam) e que jogassem cinzas por cima de seu corpo, já que em poucos dias seria somente pó e cinza.

Francisco sempre havia dito aos seus frades para que, quando percebessem que a hora da sua morte estava próxima, o colocassem despido no chão, do mesmo jeito como ele tinha vindo ao mundo, e lá o deixassem ficar por algum tempo, mesmo depois de morto.

Pouco depois da leitura das Sagradas Escrituras, Francisco morre. Era o dia 3 de outubro de 1226. Um dos frades que estava presente disse ter visto a alma do santo subindo diretamente para o céu, pois era como uma estrela, mais clara do que o sol.