Em 11 de agosto de 1253, Santa Clara entra na glória eterna; já no dia seguinte seu corpo é levado para a Igreja de São Jorge onde também repousa Francisco. No dia 3 de outubro de 1260, o corpo é exumado e colocado na Basílica de Santa Clara; ali permanece perto do altar com uma simples inscrição: “Aqui jaz o corpo da Virgem Santa Clara”, protegido pelo brilho de uma lâmpada e as preces silenciosas de suas filhas que guardaram este fato no segredo de seus corações.
Em 1849 a República Italiana escolhe Assis como sede do governo e não tem boa relação com as instituições religiosas. No meio de conflitos e inventários, perseguições e desordem civil e espiritual, a Abadessa Clara Columba Angeli, resolve procurar o corpo da venerável Mãe Clara, para que a grande dama de Assis seja um verdadeiro sinal de paz e unidade para um momento sofrido da história italiana. Neste mesmo ano, o cardeal Marini, prefeito da Congregação dos Ritos, visita Assis para a festa dos Estigmas, e, num encontro com as Clarissas, conversam sobre o encontro dos restos de São Francisco em 1813. A Abadessa aproveita a ocasião e diz: “Eminência, já que o Sol deixou-se encontrar, não é necessário que a Lua tenha também o seu lugar?”