Daí por diante São Francisco passa a se vestir como eremita e começa a reformar com sua próprias mãos a igreja de São Damião, onde “ouviu” o Crucifixo falar. Este trabalho vai durar uns 2 anos: de 1206 a 1208. Restaurará também a igreja de São Pedro e a pequenina igreja de Santa Maria dos Anjos, conhecida como Porciúncula (pequena porção). Juntamente com tais reformas passa igualmente a cuidar dos leprosos. Trata suas feridas, alimenta-os, convive com eles… Francisco vê Cristo nos leprosos e nos pobres.

Enquanto repara sozinho a igreja de São Damião, colocando pedra sobre pedra, Francisco faz uma profecia sobre a Segunda Ordem que fundará anos depois juntamente com Santa Clara. De cima de um de seus muros ele grita em francês para alguns pobres que moravam por perto: – “Venham me ajudar na construção deste convento, porque aqui morarão mulheres cuja vida afamada e santa dará glória a Deus em toda a Sua Igreja!”.
Esta profecia feita por Francisco marcou profundamente Clara. Saber que ela e suas Irmãs (as futuras Irmãs Clarissas) estavam nos planos de Deus, desde toda eternidade, tocou-a no fundo do coração, pois passados mais de quarenta anos ainda recordará tais palavras, escrevendo-as em seu Testamento: “Algum tempo depois da conversão de nosso Pai São Francisco, sem ainda sequer ter irmãos ou companheiros, ao reparar a igreja de São Damião, iluminado pela graça divina profetizou com grande alegria a respeito de nós aquilo que Deus mais tarde realmente realizou.”

No início de 1208, Francisco ouve o evangelho da Missa de São Matias: “quando fordes pelo caminho, não leveis ouro, nem calçado, nem duas túnicas, nem bastão…” Essa leitura o toca profundamente e no mesmo instante tira suas vestes de eremita, retira suas sandálias, joga fora o seu bastão e passa a se vestir como pregador ambulante: descalço, com uma túnica em forma de cruz e apenas um cordão na cintura. É o início de sua vida como pregador e de sua Obra, que mais tarde se constituirá na Primeira, na Segunda e na Terceira Ordem Franciscana.

Mosteiro de São Damião